Wanneer leerlingen klachten hebben over het onderwijs of over de medewerkers van het Kompas College, kunnen ze terecht bij de locatiecoördinator van de school. Daarbij kunnen ze gebruik maken van een klachtenformulier dat verkrijgbaar is bij de administratie van de school.
Klachten worden behandeld door een onafhankelijke klachtencommissie. De school houdt zich aan de klachtenregeling van de Vereniging Besturenorganisaties Katholiek Onderwijs.
Leerlingen kunnen met op- en aanmerkingen ook bij hun schoolmentor terecht. Als een leerling een klacht door wil zetten, dan zal de leerling zich tot de landelijke klachtencommissie moeten wenden.